Bien que qu’un grand nombre de différentes unités allemandes soient impliquées dans l’extermination de la population juive en Europe de l’Est, les Einsatzgruppen étaient les unités les plus importantes.

Il s’agit d’unités mobiles, principalement composées de membres de la SS, qui suivent l’avancée de l’armée allemande sur le front de l’Est ouvert depuis le 22 juin 1941 et coordonnent les tueries. Elles sont chargées d’exterminer les ennemis politiques et raciaux de l’Allemagne nazie : Juifs, Tsiganes, communistes.

Ce type d’élimination se distingue de la Shoah des camps, car il ne nécessitait ni convois ferroviaires, ni infrastructures propres aux camps d’extermination : les assassins vont directement à la rencontre de leurs victimes, les regroupent, les fusillent puis les enterrent dans des fosses communes.

C’est de ce modus operandi particulier qu’est née l’expression « Shoah par balles », par laquelle des communautés juives entières sont décimées. On estime que les Nazis ont assassiné plus de 1 500 000 Juifs entre 1941 et 1944 dans la seule Ukraine. Plus de 600 000 Juifs ont été exterminés en Biélorussie.

Trois caractéristiques peuvent ainsi définir la Shoah par balles :
- les assassins se déplacent, le génocide est perpétré sans déporter de victimes,
- il s’agit d’assassinats systématiques mais non industriels,
- les massacres sont réalisés au vu et au su de tous.

Parmi les activités de Yahad In Unum, le Projet pour la recherche des fosses communes des victimes juives des Einsatzgruppen et d’autres unités allemandes durant la Seconde Guerre mondiale occupe une place centrale.

L’association, présidée par Patrick Desbois, a entamé les recherches en 2004 et, à ce jour, a localisé plus de 800 sites d’exécution et a réalisé l’enregistrement vidéo d’environ 800 témoins. La méthodologie utilisée pour ces recherches repose sur un recoupement des sources allemandes, soviétiques, et des témoignages vidéo enregistrés sur le terrain.